Pokémon Blackissa ja Whitessä on pieniä eroja. Kummassakin pelissä on perinteen mukaisesti pari eri Pokémonia, joita ei saa toisessa. Sen lisäksi jotkut Pokémonit ovat toisessa pelissä harvinaisempia kuin toisessa pelissä. Tämän lisäksi Blackissä ja Whitessä on myös pari muuta eroa.

Seuraavat Pokémonit saa vain Blackissa:

Cottonee, Whimsicott (HUOM: Voit suorittaa pelissä Nacrene Cityssä vaihtokaupan, jossa annat Cottoneen ja saat Petililin)
Gothita, Gothorita, Gothitelle
Vullaby, Mandibuzz
Tornadus
Reshiram
Weedle, Kakuna, Beedrill
Murkow, Honchkrow
Houndour, Houndoom
Shroomish, Breloom
Plusle
Volbeat


Seuraavat Pokémonit saa vain Whitessä:

Petilil, Lilligant (HUOM: Voit suorittaa pelissä Nacrene Cityssä vaihtokaupan, jossa annat Petililin ja saat Cottoneen)
Solosis, Duosion, Reuniclus
Rufflet, Braviary
Thundurus
Zekrom
Caterpie, Metapod, Butterfree
Paras, Parasect
Misdreavus, Mismagius
Poochyena, Mightyena
Minun
Illumise

Seuraavat Pokémonit saa vain Whitessä White Forestin ansiosta:
Pidgey, Pidgeot, Pidgeotto
Bellsprout, Weepinbell, Victreeble
Oddish, Gloom, Vileplume, Bellossom
Porygon
Gastly, Haunter
Machop, Machoke
Abra, Kadabra
Magnemite, Magneton, Magnezone
Nidoran (tyttö), Nidorina, Nidoqueen
Nidoran (poika), Nidorino, Nidoking
Ryhorn, Rhydon, Rhyperior
Happiny, Chansey, Blissey
Hoppip, Skiploom, Jumpluff
Wooper, Quagsire
Togepi, Togetic, Togekiss
Elekid, Electabuzz
Magby, Magmar
Mareep, Flaaffy, Ampharos
Whismur, Loudred, Exploud
Slakoth, Vigoroth, Slaking
Wurmple, Silcoon, Beautifly, Cascoon, Dustox
Seedot, Nuzleaf, Shiftry
Lotad, Lombre, Ludicolo
Ralts, Kirlia, Gardevoir
Budew, Roselia, Roserade
Corphish, Crawdaunt
Trapinch, Vibrava, Flygon
Aron, Lairon, Aggron
Surskit, Masquerain
Bagon, Shelgon, Salamence
Starly, Staravia, Staraptor
Shinx, Luxio, Luxray


Erikoiset taistelut
Blackissa voit taistella neljää traineria vastaan rotation battleissa, ja vain yhtä vastaan triple battlessa.
Whitessä voit taistella neljää traineria vastaan tripple battleissa, ja vain yhtä vastaan rotation battlessa.

Pelin aika ja paikat
White näyttää tapahtuvan menneisyydessä, tai vähemmän edistyneessä yhteiskunassa, kun taas Black tuntuu tapahtuvan tulevaisuudessa, tai teknologisesti edistyneemmässä yhteiskunnassa.
Opelucid City näyttää erilaiselta riippuen pelistä. Blackissä se on teknologisesti edistynyt kaupunki, kun taas Whitessä se on luonnonläheisempi. Blackissa salinjohtajana on Drayden-vanhus, kun taas Whitessä Opelucidin salinjohtajana on Iris-tyttö.



Mistralton Cityssä on Blackissa kasvihuoneita (edistyneemmän teknologian merkki, epäluonnonmukainen), kun taas Whitessä on perinteisiä peltoja (vanhanaikaista).
Blackin ja Whiten yksi teema onkin teknologia vastaan luonto. Vertaa Reshiramin tuli (perinteinen vanha luonnon tuoma työkalu) vastaan Zekromin sähkö (vasta hiljattain hallintaan saatu, käytetään tekniikassa).
Tästä huolimatta myös Whitessä on paljon edistynyttä teknologiaa muissa kaupungeissa. Muut kaupungit ovat samanlaisia Blackissä ja Whitessä, paitsi...
... Blackissä on moderni Black City, kun taas Whitessä on tilalla White Forest! Black Cityssä voi ostaa kallisarvoisia tavaroita ja taistella trainereita vastaan, joilla on isolevelisiä täysin kehittyneitä Pokémoneja. White Forestissa voi löytää itemejä, ja napata pienilevelisiä Pokémonien alkumuotoja, joita ei saa Blackistä.

Muita pieniä eroja
Musiikki vaihtelee hieman. Esimerkiksi Opelucid Cityn musiikki on erilainen riippuen pelistä. Peleissä on myös ymmärrettävästi pieni ero juonessa liittyen legendaarisiin Reshiramiin ja Zekromiin.